Главна цел на организационната дейност на съюза е укрепване и развитие на системата, на нейната цялост и единство в процеса на интегрирането на аграрния сектор на страната в Общата селскостопанска политика на ЕС.
Основни насоки на организационната дейност на НСЗКБ са:
1) Повишаване качеството на провежданите от ЗК събрания и на приетите от тях решения.
2) Усъвършенстване на членствените взаимоотношения в земеделските кооперации.
3) Издигане ролята и отговорността на областните и регионалните структури.
4) Поставяне на вниманието на компетентни държавни и обществени органи проблеми отнасящи се до аграрния сектор.
Националният съюз на земеделските кооперации участва в Консултативния съвет по зърното при Министерството на земеделието и храните.
Активно участва със свои представители и в Комисията за прозрачност към ДФ „Земеделие” и разплащателна агенция по мярка „121”.
Само за периода от стартирането на Мярка „121” по плана за развитие на селските райони 2008 г. до декември 2009 г.участва във всички 25 заседания на комисията.
Утвърдени бяха 310 проекти за модернизиране на земеделските стопанства на земеделски кооперации, основно за закупуване на техника на обща стойност 160 млн.лв, субсидия 80 млн.лв.